系统的药师法门身心锻炼法，我们可以把它分为以下几个步骤：第一步，安住于因果身。所谓“安住于因果身”，就是要能够深信因果，了知业果律和无我律。业果律是什么呢？出世间的业果律就是空性智慧，就是安住于因果身。
当我们能够不断的身心变得越来越清静，能够越来越有精神的那种状态。那些错误的见解和认识，远离这些困扰的情绪，我们生命的能量就会越来越充沛，我们才能逐渐修行戒定慧这种修法。所以说安住于因果身是很重要的。
第二步，也就是药师法门当中一个特别方便的法门“针灸前行禅”，通过针灸前行禅去激发能量身的活力。当我们安住于因果身当中，来做这种针灸前行禅，从而开启这种通过一层一层的能量身的锻炼。
第三步是做药师瑜伽。包括十二论瑜伽、四无量清净瑜伽、息瑜伽、天瑜伽等这些瑜伽得到的的多元瑜伽叫做药师瑜伽。
通过以上这几步，都可以让我们的能量身激活。那么第一步的安住于因果身目的是什么？实际上就是为了让我们的身心能量不流失。佛法说内心的烦恼是有漏，使我们身上的能量不断的漏失，我们的心不断跟随这些物我的外境，不断的去追求、不断的升起欲望、然后不断的盲目去追逐这些物质的目标，我们的能量就会不断的漏失，这样的身心状态就属于一种有漏的状态。第二、三步就是提升激活能量身。
第四步就是修内观禅，修药师定，即打坐。打坐实际是综合的身心修炼，不要看打坐是静态的，其实不完全是静态的。我们打坐的时候，表面上身体是不动的，实际上内在它是在不断的运转。打坐的时候，最重要的调身，实际上它也会越来越密切的调身，越来越有规律的观照我们的心。动态当中禅修也是有的，比如精神上的禅修、吃饭当中的禅修等等。
再比如说身体的放松，在日常的生活当中我们要时刻的去注意我们身体的那种紧张的状态。当我们语速变快、或者和他人生起一些冲突的时候，此时我们要回到我们身心当下的那种状态来细细觉察，而不是盲目地执着于外境、他人。当我们的心越追求外境就会越迷惑、越不安、越痛苦。当我们回到身心当下的这种状态，尝试将注意力关注到我们身体紧张的部位，再去把它放松、转变。
当我们和他人的产生争执、矛盾的时候，如果我们想解决这个矛盾，只有在这种情绪比较热的状态下才能解决这个矛盾，否则的话，一但负面的情绪控制了我们的语言行为，必然会处于一种失控的状态。而这个热的状态就是回归我们自己身心的当下，来调整我们身心的状态，用最直接的方式观察我们身心紧张的状态。
这种方式在打坐的最初也是需要的，你需要把你的身体放松，然后身体坐得正直，身直则心直。因为身直则性直，性直则心直。即你的身体坐正你的气脉就会通畅，气脉通畅的话你的心才会有注意力、觉知力，身心、能量身交汇。所以，最基础的就是身体的放松。像我们知道的中医调养、瑜伽等，从广义上来讲都是属于身念处中比较基础的一些方式。
只要我们有这种觉知力、佛法的见地，我们可以有这种修行的方法，但是内心又没有对这种修法的执着，那么你就可以通过这种方法调整自己的身心，好好修行。因为这种最基础、最简单的身心不分离修法是比较容易操作、修行比较好入手的方法、方式。在禅修的过程当中，我们的身心会不断的转化。找到适合自己的禅修方式。
第五步的话是回向，做一个圆满的回向。
以上，这些就是药师法门的身心锻炼法的五个步骤。通过这几个步骤锻炼身心。