《圆觉经》立意于万法虚伪，一切唯识。全文结构严谨，运思致密，可以分为十二章。其中，每一章由一位菩萨和佛陀之间的问答组成。
这样的布局，在结构上每章既相互独立，又互为铺垫相互联系，体现出层层推进，步步深入的意蕴。同时，在内容上每四章又集中阐发一个佛意，组成一个部分，使全经十二章分为三个部分。这样，在构思上，每一部分都有在分别中见组合，在组合中见差异的特征。即：
第一部分，由文殊、普贤、普眼、金刚藏，这四位菩萨依次就远离烦恼、妄有根尘、佛性真如、万法唯心等大乘理趣，向佛陀请益。
第二部分，由弥勒、清净慧、威德自在、辩音，这四位菩萨分别就断灭轮回、渐次差别、圆觉三观、二十五法门等禅法，请佛陀解疑。
第三部分，分别由净诸业、普觉、圆觉、贤善首，这四位菩萨针对消恶业、四禅病、安道场、传经典等问题，请佛开示。
佛陀分别就十二菩萨的提问，从义理、修持、禅机三个方面，逐一进行了分析和论述，义玄而深邃，开人心智。
这种结构特征，反映了《圆觉经》在谋篇布局上的精致细密、整齐对称。在经文各章中的问答上，也一一对应，娓娓道来，使宣说教义的宗旨和佛陀的解疑紧密结合，文富义博，思路清晰，开迷解惑，首尾圆融。
从思维的过程和论述中心看，全经三个部分各有侧重，对应着大乘教义、修正方法、道场持守。从推理方法来看，在全经三个部分中，每一部分都采用了归纳和演绎推理交替进行的方式。
在十二章中，每一章都可以视为佛陀针对一位菩萨的辩答，都是从个别到个别的推理过程；每一章的结论，都是下一章逻辑推理的起点以及演绎出另一位菩萨的进一步探究。这都充分表现出《圆觉经》颇具匠心的构思。各章中由菩萨的提问到佛陀的回答，在句法上都是从疑问句转换到陈述句，表达了明确的判断。
同时，各章大体上是由散文句式的问答到偈颂式的总结，从逻辑上看都是精思竭虑的分析和归纳。章章互为铺垫，四章合为一个部分，三个部分构成全经，形成了四分一总，三总一合，即分、总、合的布局。
这种布局，使经文问答一体，圆融和合，类比、演绎、归纳各种思维形式交替使用，具有问法契心，直探灵觉义理之妙。为全经弘扬圆觉教义，圆融顿渐差异，纶贯华严精粹，提挈毘尼要义，彰显唯识真谛，把握般若智慧起到了重要作用。